Los Programas Institucionales son instrumentos de política horizontal que promueven la articulación y vinculación entre la Universidad y los distintos actores e instituciones del sector público y privado, orientándose a problemáticas relacionadas en áreas de competencia.

Los Programas Institucionales fueron creados por la UNICEN al considerar que la investigación científica, artística y tecnológica alcanzaba un apreciable grado de madurez a través del funcionamiento de sus 27 agrupamientos de investigación, en los cuales se desempeñan cerca de 500 investigadores.

A través de estos Programas se moviliza esta ingente capacidad de investigación mediante conjuntos de acciones convergentes orientadas al abordaje rápido y eficaz de problemas de trascendencia para la actividad económica y la calidad de vida de la comunidad regional. De esta manera, cada Programa Institucional permite generar respuetas integrales a problemas complejos correspondientes a un área problema considerada como estratégica para el desarrollo regional.

En principio cuatro áreas estratégicas conforman el ámbito de acción y desempeño de los programas institucionales de la UNICEN: (1) Alimentos, (2) Apoyo a la Gestión Pública (4) Apoyo a la Actividad Productiva, y (3) Ordenamiento Ambiental y Patrimonio Natural y Cultural

Estos cuatro programas poseen una naturaleza multidimensional, articulando políticas de carácter horizontal y regional, abarcando diferentes dimensiones sectoriales y temáticas, y haciendo uso de un amplio abanico de herramientas y aportes multidisciplinarios.